La Sede ofrece nueve programas académicos en la modalidad de educación presencial, los programas académicos de Ingeniería Forestal y Zootecnia se desarrollan por completo en Málaga (10 semestres) y las ingenierías, Civil, Mecánica, Eléctrica, Electrónica, Industrial, Química y de Sistemas, inician en Málaga (4 primeros semestres) y finalizan en Bucaramanga (6 restantes). La oferta académica también incluye siete programas académicos en la modalidad de educación a distancia del Instituto de Proyección Regional y Educación a Distancia (IPRED) y se encuentra en desarrollo nuevos programas académicos con pertinencia regional.

La sede UIS Málaga cuenta con el laboratorio de reconversión ganadera y agroforestal para análisis de suelos, análisis bromatológico y de gases efecto invernadero, dos invernaderos para investigación, producción de forrajes y reproducción forestal; y escenarios para la práctica e investigación interdisciplinar.

Actualmente, en la Sede UIS Málaga se adelantan los trabajos de construcción de las nuevas instalaciones del Parque Universidad que impactará no sólo a Málaga, sino a la provincia de García Rovira de Santander; la de Norte y Gutiérrez de Boyacá, y la de Pamplona, en Norte de Santander.

La nueva edificación para la sede regional UIS Málaga está ubicada dentro de la zona norte del casco urbano del municipio y consiste en la construcción de un edificio con un área total de 16.416 metros cuadrados, conformada por siete módulos funcionales e independientes.

Además, la edificación tendrá un auditorio con capacidad para 360 personas, áreas administrativas, parqueaderos, aulas de clase, laboratorios, aulas de cómputo, biblioteca, una clínica veterinaria, taller de maderas, baterías sanitarias, áreas de bienestar universitario, cafeterías, entre otros entornos que permitirán a la comunidad tener momentos de esparcimiento.